Здравый смысл подсказывает мне, что вариант со всем жестким диском будет быстрее. Причина очень образец. Если вы создаете контейнер, этот контейнер будет находиться в файловой системе и, следовательно, будет иметь более медленное время доступа из-за этого промежуточного уровня. Также любая фрагментация в файловой системе диска будет влиять на скорость (не очень, но ...)
Конечно, это можно проверить очень быстро, создав два тестовых раздела, создав в первой файловой системе, создав контейнер, отформатировав его. Затем зашифруйте второй раздел. Смонтируйте их обоих и проверьте скорость