Нет такого понятия, как 5-контактный разъем PCIe (pci-x полностью отличается от PCIe и практически не используется. Его PCI-расширен, а не PCI Express) - есть 6- и 8-контактные разъемы, а средний разъем «12 В» является дополнительным в 6-контактных разъемах - см. распиновку 6-контактного разъема здесь. Это должно быть совершенно безопасно.
Тройные 12-вольтовые соединения на 6-контактном PCIe, по-видимому, предназначены для совместимости с 8-контактными разъемами питания, которые должны иметь 3 12-вольтовых входа и часто поставляются в виде 6 + 2-контактного разъема. В этом случае дополнительные 12 В игнорируются.