Никакая операция с диском, конвертирующая файловые системы, не может считаться безопасной. Большинство будет работать большую часть времени, но ужасных историй предостаточно. Вам нужно сделать резервную копию всего, что вы беспокоитесь о потере, прежде чем продолжить.
Хуже того, хотя NTFS и работает, поддержка Linux невелика - я полагаю, что она была реверс-инжиниринг, и оба основных решения Linux пропускают некоторые функции.