Аудио с использованием PulseAudio по умолчанию очень глючит в 9.04. Он улучшен в 9.10, но все еще есть проблемы.
Вы можете попытаться решить эту проблему, следуя этим рекомендациям: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=843012 .
Также стоит рассмотреть Kubuntu, который по умолчанию не использует PulseAudio (это верно для последних версий Kubuntu).