У вас не должно быть никаких проблем. При загрузке Windows будет смотреть на жесткие диски и видеть там раздел NTFS с Windows на нем. Это должно сделать его загрузочным снова без проблем и без потери каких-либо данных.
Тем не менее, это всегда хорошая идея сделать резервную копию.