Причина в том, что были неочевидные ошибки с разделом NTFS. Вероятно, что-то делать с Windows, не закрывая FS должным образом.
После форматирования этого раздела в ext3 проблем больше не возникает.
chkdsk
из окон не исправил ошибки. И не ntfsfix
из Linux.