Создайте нулевой аудиопоток и вставьте его с обрезкой.
Допустим, у вас есть три аудиофайла, и вы хотите промежутки между ними 1 и 3 секунды соответственно, тогда вы бы использовали
ffmpeg -i 1.mp3 -i 2.mp3 -i 3.mp3 -f lavfi -i anullsrc -filter_complex \ "[3]atrim=duration=1[g1];[3]atrim=duration=3[g2]; [0][g1][1][g2][2]concat=n=5:v=0:a=1" out.mp3
Если вам нужно обрезать входы,
ffmpeg -i 1.mp3 -i 2.mp3 -i 3.mp3 -f lavfi -i anullsrc -filter_complex \ "[0]atrim=duration=20[t0];[1]atrim=duration=120[t1];[2]atrim=duration=45[t2]; [3]atrim=duration=1[g1];[3]atrim=duration=3[g2]; [t0][g1][t1][g2][t2]concat=n=5:v=0:a=1" out.mp3