У меня были такие же симптомы. В моем случае это была сломанная установка m4 (оставленная позади macports и опередившая систему m4 в моем PATH). Флекс вызывает М4 за кулисами. Если m4 падает без вывода, flex просто выйдет без сообщения об ошибке.
Посмотрите, работает ли вызов m4 из командной строки. Если нет, то есть ваш виновник.