Вам может понадобиться --deep
флаг ... Сравните ответ https://apple.stackexchange.com/a/121010/6126, который работает для меня:
# Re-signing an app: codesign -f --deep -s <certname> /path/to/app # Verify that it worked: codesign -dvvvv /path/to/app
(Обратите внимание, что вам нужно принять диалог в последний раз)