Что-то вроде этого: ffmpeg -i input.mp3 -af "silenceremove=start_periods=1:start_duration=1:start_threshold=-60dB:detection=peak,aformat=dblp,areverse,silenceremove=start_periods=1:start_duration=1:start_threshold=-60dB:detection=peak,aformat=dblp,areverse" output.flac
Вам нужно будет изменить как пороговые значения, так и длительности для вашего конкретного случая.