Команда поддержки Coda ответила в твиттере, а не здесь:
Щелкните правой кнопкой мыши на боковой панели; или используйте кнопку «Действия» в нижней части боковой панели.
Опция щелчка правой кнопкой мыши сначала не сработала, но оказалось, что она не рекурсивна. Вы должны делать это в каталогах, которые вас интересуют, а не только в их родителях.