Прежде всего, какие образы ОС вы пытаетесь использовать для двойной загрузки. Вы должны использовать разные процессы для разных ОС. Например, для Linux и Windows обычно лучше установить Windows, чем Linux и использовать менеджер загрузки GRUB. Другой процесс для Linux Linux или Windows Windows. Вот очень хороший сайт на эту тему:
http://apcmag.com/how_to_dual_boot_windows_xp_and_linux_xp_installed_first.htm
Что касается альтернативы Acronis, я пользуюсь Norton Ghost последние 5 лет с большим успехом. Я также использовал DriveSnapShot, но мне больше нравится Ghost.