Если процесс клонирования завершился успешно, вы можете загрузиться с нового диска, и Spotlight (и Time Machine, если вы его используете) работают нормально, вам не нужно ничего очищать от процесса.
Скручивания в копии будут либо катастрофическими, и вы сразу заметите, либо незначительными (например, повреждение документа), которые вы не заметите, если не откроете и не проверите почти все файлы на жестком диске.
Если вы использовали новый диск в течение нескольких дней, и система не работает странно, я бы сказал, что вы готовы к работе.