Я бы порекомендовал использовать какой-нибудь дисковый редактор, как предложено @Karan, но ...
Если вы хотите сделать это действительно жестким способом и использовать только то, что включено в саму DOS, тогда вам стоит взглянуть на debugкоманду.
Будьте очень осторожны, потому что даже малейшая ошибка будет иметь катастрофические последствия.
Я не могу сейчас дать подробные инструкции, потому что я не прикасался к машине MS-DOS по крайней мере 10 лет и к конкретным функциям, возможно, к 20 годам, и у меня нет машины, чтобы проверить ее под рукой, но ссылка на ссылку должна дать достаточно указателей на достичь того, что вы хотите.
По сути, вы читаете сектор с диска, редактируете и записываете его обратно на диск.
Googling поднял это: Руководство по отладке
Это говорит о том, что вы на самом деле не можете использовать debugдля изменения MBR напрямую, но позже описывает, как это сделать.