Сокращенные имена файлов являются артефактом FAT32; как вы видели, любой файл с именем длиннее, чем старые 8.3 ограничения, получает сокращенное имя. Используйте правильную файловую систему, которая обрабатывает длинные имена файлов, а не использует причудливый хак, и у вас не возникнет этой проблемы (например, NTFS, HFS, ext - все обрабатывают длинные имена файлов изначально). В Википедии есть больше подробностей о взломе длинного имени файла, который использует FAT32
FAT32 также имеет другие проблемы, которые затрудняют работу rsync - например, он не хранит метки времени с какой-либо большой точностью, поэтому rsync не может использовать свою обычную эвристику.
В rsync FAQ есть запись о том, что rsync копирует одни и те же файлы много раз. Короче говоря, это, вероятно, временная метка, которая вызывает большую часть повторной синхронизации; modify-window=1или, возможно, modify-window=2следует это исправить.