Вы пробовали использовать опцию --verify, чтобы попытаться выполнить проверку резервной копии и посмотреть, что говорит rdiff? Также, глядя на вывод других --verify, выясняется, что rdiff использует SHA1, а не подписи MD5 в качестве механизма проверки. Я также читал, что, очевидно, если у вас есть файлы с несколькими жесткими ссылками на них, то при восстановлении rdiff может не вернуть их точно такими, какими они были. Есть кто-то, кто явно придумал патч, но не знаю, был ли он благословен, включен или даже широко доступен.
Я читал эту ветку после некоторого поиска по rdiff:
https://lists.gnu.org/archive/html/rdiff-backup-users/2009-11/msg00054.html
Вы можете использовать ссылки на странице для перемещения вперед и назад, чтобы увидеть всю цепочку, но эта страница дала мне большинство моих подсказок по поводу того, что я здесь напечатал.
Надеюсь, это поможет.