Тонны официальных комплексных «резервных» опций: rsync и т. Д.
Используйте одного из провайдеров облачных сервисов хранения (вы будете платить за место для хранения после их бесплатного уровня): Dropbox, Google Drive, box.net и т. Д.
Используйте утилиту синхронизации файлов / папок, которая использует битовый торрент-протокол (нет необходимости в переадресации сложных сетевых портов): Syncthing, Bittorrent Sync.
Синхронизация имеет возможность управления версиями.