С SATA не существует понятия «ведущий / ведомый». Перемычки обычно используются для изменения скорости или других настроек привода, и их обычно не нужно менять.
Если вы собираете новую машину с новой материнской платой с современным контроллером SATA, у вас не должно возникнуть никаких проблем.