Если внешний том смонтирован, не зная ключа для скрытого, это небезопасно. Когда он монтируется, осознавая скрытый объем, он безопасен.
ОС не будет размещать вещи в том месте, где вы находитесь. Драйвер truecrypt не допустит этого (есть несколько способов сделать это, но фактическая реализация не имеет значения).
Место, где находятся фрагментированные файлы, не должно иметь значения для использования. И скрытый, и обычный том должны иметь возможность использовать свободное место на полном диске.
OTOH, что касается наличия скрытого тома, если кто-то обратным образом спроектировал, где TrueCrypt хранил каждый файл на томе, у него может возникнуть подозрение, почему большой файл хранится таким образом (при условии, что TrueCrypt не рандомизирует местоположения именно для того, чтобы этого избежать), подозреваю, что у вас есть скрытый том. Хотя также возможно, что у вас были большие файлы (некоторые фильмы?), Которые впоследствии были удалены.