Это довольно широкий вопрос, но минусы (такие же широкие) могут быть такими:
SLI / Crossfire - требуется некоторая настройка, настроенная на работу
Две карты требуют больше энергии
Две карты Добавить тепло
Две карты работают с двумя вентиляторами = немного больше шума
Большинство из них предполагает, что одна более мощная карта даст вам меньше головной боли, будет работать с большим количеством программного обеспечения и потреблять меньше энергии (наряду с другими пунктами, которые я перечислил выше).