Да, редактирование файла MP3 и его повторное сохранение в формате с потерями ухудшит качество.
При открытии файла MP3 редактор сначала преобразует его в поток несжатого звука. Редактирование затем происходит на необработанных данных. Само по себе это не приводит к потере качества, но повторное сохранение файла в формате с потерями приводит к тому, что с помощью процедуры чтения-редактирования-записи вы эффективно сжимаете файл.
По сути, не имеет значения, если вы выберете формат назначения, который будет таким же, как у оригинала, или другой формат, пока выполняется сжатие, вы потеряете некоторую информацию (по сравнению с файлом, который вы открыли для редактирования).
Однако сохранение в формате с более высоким битрейтом может сохранить качество, как описано здесь . Точные значения зависят не только от параметров формата назначения, но также от самих аудиоданных и применяемого преобразования (редактирования), поэтому сравнивать методы сложно.