Не совсем ответ на ваш вопрос, но NTFSInfo может, по крайней мере, сказать вам кластеры, где расположен MFT:
Может быть, это начало. Но даже если вы извлечете MFT, мне будет сложно придумать, как использовать его позже. Я согласен с JDH, что полное резервное копирование, скорее всего, будет лучшим решением, так как это значительно облегчит восстановление после сбоя.