Когда вы говорите, что конкретно одна карта исчезает, это всегда одна и та же карта?
Если это так, то у вас аппаратный сбой, который необходимо заменить. Если нет, то у вас аппаратный сбой в мостах PCI материнской платы или программный сбой в драйверах.
Попробуйте немного запустить установку vanilla и посмотрите, не исчезнет ли одна из ваших карт после того, как она была оставлена или прошла стресс-тестирование (используйте Uniengine или блендер, если у вас ничего нет). Если это происходит в условиях стресса, ваши следы / заглушки на мосту PCI-e находятся на выходе, но вы можете обойти эту проблему, используя другой разъем PCI-e (при условии, что у вас есть 3 или 4), и если это происходит во время простоя, то это либо плохая версия драйвера, либо ваш PCH работает, и вам понадобится новая материнская плата.