PCI имеет обратную совместимость, поэтому ограничений нет, любая карта будет работать в любом слоте PCI Express.
Утверждается, что каждое поколение PCIE удваивает пропускную способность последнего, но тестирование не показало большой разницы для PCI-E 3.0 x16, работающего на PCI-E 2.0.
Некоторые ссылки: