Да, это не должно быть проблемой, если вы заменяете диск, который в настоящее время восстанавливается, а не другой диск. RAID 5 может потерпеть только одну потерю жесткого диска.
После замены накопителя процесс восстановления должен возобновиться. Я обычно меняю диски, когда система выключена, просто для безопасности, но это не на 100% необходимо.
RAID-контроллеры достаточно умны, чтобы перезапускать или возобновлять сборку, когда обнаруживают состояние массива. Если есть новый диск, он будет перестроен. Если сервер будет перезагружен, он возобновит работу при следующей загрузке.