Вы должны быть в порядке. Я запускаю аналогичную установку (то есть один графический процессор непосредственно над вентиляторами другого графического процессора с очень небольшим зазором между картами.) Внутренние вентиляторы на самом деле не перемещают горячий воздух в каком-либо определенном направлении, кроме как поперек, а затем от Радиатор графического процессора к другой части корпуса. Работа ваших вентиляторов в корпусе заключается в том, чтобы обеспечить поток воздуха через корпус, чтобы фактически вывести горячий воздух из него.
Так как вы используете карты nVidia, просто используйте их программное обеспечение для мониторинга и смотрите на температуру GPU на обеих картах при работе под нагрузкой. Я работаю на Linux, так что это приложение NVIDIA X Server Settings -> GPU # -> Thermal Settings. В моем случае, «верхняя» карта (т.е. вертикально над другой картой в корпусе) работает на 5-10C теплее, так как нижняя карта выделяет немного тепла из-за конвекции. Пока ваши термики выглядят хорошо, это не проблема.
Обратите внимание, что даже если ваши тепловые показатели становятся слишком высокими, 1080 будет дроссельной, чтобы держать вашу карту в безопасном диапазоне. Таким образом, ваш главный потенциальный недостаток в том, что вы не будете разгоняться так высоко или, возможно, немного дросселировать. Самый простой способ избежать этого, если это произойдет, - это понизить температуру окружающей среды помещения, в котором работает система.
Изменить: я забыл обратиться к последней части вашего вопроса. Чтобы определить, какой будет дельта от добавления 2-й карты, удалите нижнюю карту (которая будет препятствовать поклонникам верхней карты), закройте корпус и затем получите некоторые показания после того, как карта простаивала в течение ~ 5 минут и затем под нагрузкой. Вставьте нижнюю карту, закройте крышку и повторите показания. Это даст вам тепловую дельту (т.е. «стоимость») добавления этой второй карты. Добавление дополнительных фанатов кейсов может помочь, но посмотрите, есть ли проблема, прежде чем беспокоиться.