То, что вы видите, на самом деле не сломан разъем. Эти контакты намеренно укорочены, поэтому они подключаются последними. Помните, что PCIe поддерживает «горячее» подключение, вы можете добавлять (и теоретически также удалять) карты в работающей системе. Если вы заглянете внутрь USB-штекера, вы увидите нечто похожее: контакты данных короче контактов питания.
Короткий штырь в задней части карты - «PRSNT2 #». На переднем плане - «PRSNT1 #». Он подключен к заднему выводу и сообщает материнской плате длину (в каналах PCIe) карты. Существует несколько возможных мест «PRSNT2 #», по одному на каждую возможную длину карты.
Вы можете прочитать больше о разъеме PCIe в Википедии .