В этом нет никаких «технических» ограничений, поскольку Windows спросит, какая карта является основной, и будет использовать ее для любых целей и целей, если вы не скажете иначе через панель управления Nvidia.
Тем не менее, я не вижу смысла хранить старую карту, которая будет просто способствовать нагреву и энергопотреблению вашей системы. Пыль можно уменьшить, закрыв отверстие в корпусе (если оно у вас есть), но даже старые карты GTS действительно выделяют немного тепла. Кроме того, нет никакой цели (как отмечено в комментариях) иметь «выделенную» карту PhysX, так как современные карты в настоящее время будут превосходить их, в то время как они более энергоэффективны и экономичны.